Nel 1924, nello stesso anno, cioè, del riconoscimento ottenuto dall’Università Cattolica, l’Istituto assunse la sua prima configurazione come "Seminario" (poi Istituto) di Filologia e di Storia antica, con annesso il "Gabinetto di Papirologia", diretto da Aristide Calderini. Ancor prima si erano iniziati i "Corsi liberi" di Lingua Greca e Latina (Aristide Calderini e Giuseppe Ghedini).
Nel 1970-1971 l’Istituto assumeva il nome di "Istituto di Filologia Classica", divenendo poi (1987) "Istituto di Filologia Classica e di Papirologia".
Nel corso di questi decenni si sono succeduti docenti e direttori di grande rilievo negli studi classici, quali i già citato Calderini e Orsolina Montevecchi per la papirologia; Camillo Cessi, Raffaele Cantarella, Agostino Pertusi, Giovanni Tarditi per il greco; ancora il Pertusi per il bizantino; Giuseppe Amatucci, Gino Funaioli, Benedetto Riposati, Luigi Alfonsi per il latino. L’attività di ricerca, sempre molto intensa nel corso dei decenni, ha lasciato una cospicua traccia nell’attività editoriale. Per quanto riguarda le riviste, si pensi ad Aevum (dal 1927), a Aevum Antiquum (dal 1988), a Aegyptus, fondata dal Calderini (1920). Congressi e seminari sono un’altra espressione dell’attività di questo istituto e dei rapporti che esso intrattiene con colleghi italiani e stranieri. Molta di questa attività si deve all’energia e alla dedizione di Giovanni Tarditi, Direttore dell’Istituto dal 1979 fino all’improvvisa scomparsa (1996).
L’attuale direttore e i docenti tutti sono impegnati nell’attività di ricerca e di insegnamento in ideale continuità con questa storia ormai lunga e prestigiosa.