Il Dipartimento nasce nel 1964 come Istituto di Economia e Politica Agraria; successivamente prende dapprima il nome di Istituto di Economia e a partire dal 1980 quello di Istituto di Economia Agro-alimentare quindi dal 1^ novembre 2012 il nome attuale di Dipartimento di Economia Agro-alimentare.

Il Dipartimento sviluppa un'intensa attività di ricerca su un ampio ventaglio di tematiche relative al sistema agro-alimentare, privilegiando soprattutto il carattere applicativo e l'interesse su problematiche attuali.

E' inoltre impegnato in numerosi e proficui scambi con ricercatori di altre istituzioni, sia nazionali che internazionali, con elaborazione e sviluppo di progetti di ricerca comuni.

L'attività di ricerca del Dipartimento è piuttosto articolata, in quanto comprende sia i progetti di ricerca che afferiscono direttamente al Dipartimento, sia le altre iniziative svolte presso l'Alta Scuola in Management ed Economia Agro-alimentare, SMEA ed i suoi due centri di ricerca: l'Osservatorio sul Mercato dei Prodotti Zootecnici, OMPZ ed il Centro di Ricerche Economiche sulle Filiere Suinicole, CREFIS.