Le ricerche del prof. Guido Milanese si stanno attualmente orientando sulle seguenti linee principali:

• automatizzazione di alcune fasi della metodologia della critica testuale, in particolare nel rapporto tra linguaggi di marcatura (XML) e filologia computazionale.
• Il campo di applicazione pratica è attualmente rappresentato dallo studio della tradizione di un trattato latino di lessicografia e semantica latina (Nonio Marcello, De compendiosa doctrina).
• Nel campo della storia della tradizione classica Guido Milanese si sta occupando dei testi epicurei nel Rinascimento italiano, francese e tedesco, di storia della linguistica antica e di storia delle forme letterarie, in particolare del rapporto tra tradizione grammaticale e composizione musicale altomedievale.
• G.M. sta realizzando un manuale di linguistica e filologia computazionale che dovrebbe essere pubblicato nel prossimo autunno.