Le ricerche del prof. Guido Milanese si stanno attualmente orientando sulle seguenti linee principali:

Storia della tradizione classica

- Storia dell'insegnamento linguistico, in particolare del latino, dal Medioevo al Novecento.
- Storia di tematiche letterarie e culturali dall'antichità all'età moderna (letteratura comparata in senso diacronico).
- Musica e linguistica dalla Tarda Antichità all'Umanesimo.

Informatica umanistica

- Automatizzazione di alcune fasi della metodologia della critica testuale, in particolare nel rapporto tra linguaggi di marcatura (XML) e filologia computazionale. Il campo di applicazione pratica è attualmente rappresentato dallo studio della tradizione di un trattato latino di lessicografia e semantica latina (Nonio Marcello, De compendiosa doctrina).
- Manuale di linguistica e filologia computazionale che dovrebbe essere pubblicato nel prossimo autunno.